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　　据日本警方统计，每年仅提交申请的失踪人口就达10万人，其中9万人的行踪可疑确认，但仍有1万人下落不明。位于远郊的一座深山丛林，似乎具有着强烈的魔性，无数人进入这里，从此消失无踪。少女茧（日南响子 饰）偶然和父亲目击一辆绑架了少女的车，父女俩一路追踪，走上了不归之途；家庭主妇真奈（桐島れいか 饰）十年前曾在林中丢失长女，如今他的小女儿阿樱离家上学后也一去不返；正在拍摄恐怖电影的新人女演员丽奈（飞鸟凛 饰）结束工作后，不得不穿越那座恐怖的森林，其中的景象与声音令她战栗不已；小女孩薰（藤本七海 饰）受托照顾邻家的孩子，可是她却遭遇了一个恐怖的人形。　　不同的人，不同的故事，同样的恐怖……

　　ある日、沖縄の海に奇怪な生物が現れた。オニヒトデを思わせる「それ」は毒液で漁師を負傷させ、瞬く間に日本全域に広がった。それは伝説のニライカナイの古代文明が環境汚染の解決の為の生体浄化システムとして生み出したが、暴走したために結果としてニライカナイの滅亡の一因となった怪獣ダガーラの復活の前兆であった。　　エリアス姉妹は地球の危機を察知して石垣島へ飛ぶと、そこにはニライカナイから来た小生物ゴーゴが出現し、その尾の装飾リングから宝がある事を悟った本土からの密猟者と、ゴーゴを保護した地元の少女たちがいた。エリアス姉妹は「ニライカナイの遺跡にはダガーラを倒す秘宝がある」という伝説を知っていた。少女たちとエリアス姉妹、そして姉妹と対立する黒い妖精ベルベラと密猟者はそれぞれ組んで海へ出る。　　ゴーゴの手引きでニライカナイの遺跡であるピラミッドが海から出現した。だが、宝捜しをしている頃、石垣島にダガーラが上陸し暴れ出したため、エリアス姉妹はモスラを召喚して戦いを挑む。ダガーラとモスラは石垣島から西表島まで空中戦を繰り広げ、遺跡のピラミッド付近で海中戦となり、モスラは海での戦いを得意とするダガーラに海に引きずり込まれた。そしてダガーラは「それ」 = 無数のベーレムをモスラに取り付かせ、モスラは戦闘不能に陥った。エリアスは必死にモスラに取り付いたベーレムを剥がそうと試みるが、あまりにも沢山付いているため、全くきりがない。絶体絶命のピンチに陥ったモスラ、宝の発見は急務となった。　　遺跡の中のトラップをくぐり抜けた少女たちと密猟者は、辿りついたホールでニライカナイの王女の立体映像から「ゴーゴが宝の主として少女 = 汐里を選んだ」事を告げられる。だが、ダガーラはピラミッドを襲撃してきた! 崩壊するピラミッドの最中、モスラはゴーゴの「命の水」の力により、取り付いたベーレムは取り払われ、さらにレインボーモスラとなってパワーアップし、再びダガーラと再戦する。さっきまでの状況とは一変し、今度はモスラが優位に立った。ダガーラが再び海中に潜った時、モスラはアクアモスラに変身し、戦いの舞台は、海底に移った。ダガーラの攻撃をバリアーでガードし、ダガーラに強力な攻撃を与えるモスラ。さらに分身モードとなり、ダガーラの体内から、ベーレムを倒しながら攻撃し、遂にダガーラは倒れ、その後、ピラミッドと共に消滅。モスラも海から出てきた後、元の姿のレインボーモスラに戻り、インファント島に帰って行き、危機は去ったのであった。

　凯拉（劳拉·乔丹 Laura Jordan 饰）、梅丽莎（尼姬·埃克斯 Nicki Aycox 饰）、鲍比（尼克·扎诺 Nick Zano 饰）和尼克（凯尔·施密德 Kyle Schmid 饰）等四个年轻人正驱车前往拉斯维加斯，准备参加那里举行的聚会。他们的车载半路抛锚，四人寻求帮助时在荒野找到一座空无一人的房子，继而在仓库里找到一辆跑车。经过一番讨论，他们决定留下联系方式，暂时把车开走，并负责赔偿车主的损失。                                                                    　　然而他们的想法过于天真，这辆汽车的主人正是恐怖的锈钉（马克·吉本 Mark Gibbon 饰），凯拉等人破门而入和偷走汽车的行为彻底惹恼了他，锈钉的疯狂狩猎也随即展开。凯拉等人命悬一线…

　　一个诚实的科学家把死去的百万富翁(多诺万饰)的大脑保存在水箱里。多诺万成功地把他强大的意志强加给这位科学家，并利用他来谋杀他的敌人。